2016年7月，學校對原醫學院進行重組，基礎醫學院成立。2020年11月，學院更名為基礎醫學與公共衛生學院。學院下設黨政辦公室、基礎醫學學科建設管理中心、教學改革與教師發展中心和公共衛生與預防醫學系。設有人體解剖學系、組織學與胚胎學系、生理學系、醫學生物化學與分子生物學系、微生物學與免疫學系、病原生物學系、病理學系、病理生理學系、藥理學系、系統生物醫學系10個學術系以及流行病學、衛生毒理學、環境衛生學、醫學統計學、醫學信息學、醫學心理學與行為科學、營養與食品衛生學7個教研室；暨南大學分子醫學病毒研究所、暨南大學康泰生物疫苗產業研究院/疾病預防控制研究院，血液學研究所、眼科學研究所（國際眼表疾病協同研究中心）、腫瘤精準醫學和病理研究所、老年免疫學研究所、醫保大數據研究所，國家中醫藥管理局病理生理重點實驗室、胚胎發育與圍產醫學國際合作聯合實驗室，田家炳醫學實驗研究中心、廣東省小核酸藥物開發工程技術研究中心等11個研究機構。

　　學院現有臨床醫學和預防醫學本科專業各1個，臨床醫學專業為國家一流本科專業建設點，入選教育部、衛生部共同組織實施的“卓越醫生教育培養計劃”；擁有基礎醫學、公共衛生與預防醫學2個一級碩士學位授權點和公共衛生專業碩士（MPH）學位授權點，基礎醫學一級博士學位授權點和基礎醫學博士后流動站。病理學和血液病學為國務院僑辦重點學科，病理學與病理生理學、免疫學為廣東省重點學科。學院有廣東省基礎醫學教學示范中心1個，形態學實驗教學中心、機能實驗教學中心2個教學實驗平臺，以及多門國家級雙語示范課程、省級精品課程、一流課程；學院是國家衛生計生委、教育部共建的重點醫學院校之一。

　　學院現有在編在崗教職工171人，合同制員工24人，其中正高職稱43人，副高職稱63人，博導36人，碩導75人。國家級人才3人，“千百十”人才工程省級培養對象、珠江學者、國家外專等人才16人次。

　　目前全院在研各類科研基金164項，在研課題經費6467萬元。自2016年至今獲批國家自然科學基金、廣東省自然科學基金、廣州市科技計劃項目、其他省級項目以及橫向課題在內的各類科研項目257項，總經費1.1313億元；學院教師申請專利69項。學院教師發表論文1000余篇，具有代表性的高水平論文8篇。2018年獲批廣東省“珠江人才計劃”引進創新創業團隊項目1項，經費2000萬元。2018至2021年獲批國家重點研發計劃項目8項、國家自然科學基金重大項目1項和國家自然科學基金聯合基金項目2項，總經費3126.1萬元。學院與美國、英國、澳大利亞、德國、瑞典、波蘭等多個國家和地區的高等院校或科研院所開展科研合作和學術交流，2016年至今有包括長江學者、國家優秀青年，國家杰出青年在內的國內外200余位學者來我院開展學術報告。

　　學院現有在校生1389人。其中，博士59人（含外招生3人），碩士375人（含外招生10人），本科生955人（含外招生341人）。在國家“雙一流”大學建設和廣東省高水平大學建設的機遇下，我院僅僅圍繞立德樹人的根本任務，堅持以國家衛生事業發展和社會需求為導向，面向醫療衛生大健康行業，堅持提升醫學生職業勝任力的教育方向，聚焦卓越醫學人才培養目標，構建德智體美勞全面發展的高水平人才培養體系與“三全育人”的醫學思政教育體系。近年來多名學生在全國大學生創新創業年會、全國高等醫學院校大學生臨床技能大賽、“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽、中國國際“互聯網+”大學生創新創業大賽、全國大學生基礎醫學創新研究暨實驗設計論壇全國總決賽等獲得獎勵。