在朱镕基同志的親自倡導和大力推動下,上海國家會計學院于2000年9月正式組建。學院是財政部直屬事業單位,由財政部和上海市人民政府雙重領導,實行黨委領導下的院長負責制。學院還是中國政府倡導設立的亞太財經與發展學院(AFDI)所在地,該學院是中國政府在APEC框架下倡導建立的第一個旨在促進區域能力建設的機構。
十多年來,在財政部的直接領導下,在各級領導的關懷和指導下,在社會各界的大力支持下,上海國家會計學院歷經艱苦創業,積極探索高級財金、會計人才教育規律,適應經濟社會發展對高端人才的需求和會計行業發展戰略,面向國家宏觀經濟部門、國有大中型企業、金融機構和中介機構等開展高層次繼續教育,形成了清晰的辦學思路、辦學模式。逐步形成了學位教育、高層管理培訓、遠程教育“三足鼎立”的事業格局,在經濟社會領域形成了較高的知名度,被譽為會計人員的“精神家園”。