南京醫科大學創建于1934年,時名江蘇省立醫政學院。1957年,由鎮江遷至南京,更名為南京醫學院。1962年,被列為全國首批六年制醫藥院校。1981年,被批準為全國首批博士、碩士學位授予單位。1993年,更名為南京醫科大學。學校是江蘇省屬重點建設高校。2015年9月,獲準成為首批教育部、國家衛生計生委與省政府共建醫學院校。
學校設有19個學院(包含康達學院)。擁有24所附屬醫院和50多所教學醫院。學校校本部現有在職教職工1700多人,其中學校編制專任教師884人。有教授215人、副教授305人,有博士生導師407人、碩士生導師1616人。學校現有中國工程院院士1名,美國國家醫學院外籍院士1名,“長江學者獎勵計劃”特聘教授3名、青年學者2名,國家“萬人計劃”百千萬工程領軍人才1人,國家“萬人計劃”科技創新領軍人才3人,國家“萬人計劃”青年拔尖人才2人,國家百千萬人才工程7人,國家杰出青年科學基金獲得者9人,優秀青年基金獲得者12人,國家級教學名師1人,全國優秀教師1人,江蘇特聘教授32人,“國家級教學團隊”3個,教育部“創新團隊”1個。